A Ameaça-Fantasma é, na verdade, o primeiro episódio da saga Star Wars, com os fatos mostrados neste filme tendo ocorrido cerca de três décadas antes de Guerra nas Estrelas, que equivale ao episódio IV. Quando a maquiavélica Federação Comercial planeja invadir o pacífico planeta Naboo, o guerreiro Jedi Qui-Gon Jinn (Liam Neeson) e seu aprendiz Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) embarcam em uma aventura para tentar salvar o planeta. Viajam com eles a jovem Rainha Amidala (Natalie Portman), que é visada pela Federação pois querem forçá-la a assinar um tratado que é para eles muito importante. Eles têm de viajar para os distantes planetas Tatooine e Coruscant em uma desesperada tentativa de salvar o mundo de Darth Sidious (Ian McDiarmid), o demoníaco líder da Federação que sempre surge em imagens tridimensionais (a ameaça fantasma). Durante a viagem Qui-Gon Jinn conhece um garoto de nove anos que deseja treiná-lo para ser tornar um Jedi, pois o menino tem todas as qualidades para isto.